Manuel utilisateur pour débuter au centre de calcul

[user@node418 ~]$ module list
no modules loaded
[user@node418 ~]$ module av
------------------------------------------------------- /etc/modulefiles
-------------------------------------------------------

--------------------------------------------
/usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core
---------------------------------------------
lmod/6.5.1    settarg/6.5.1

Use "module spider" to find all possible modules.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules
matching any of the "keys".

[user@node418 ~]$ module use /softs_eb/CentOS/6/core2/modules/all
[user@node418 ~]$ module av
---------------------------------------------
/softs_eb/CentOS/6/core2/modules/all
---------------------------------------------
 Autoconf/2.69-GCCcore-8.3.0					 binutils/2.32-GCCcore-8.3.0
 Automake/1.16.1-GCCcore-8.3.0					 binutils/2.32                                  (D)
 Autotools/20180311-GCCcore-8.3.0				 bokeh/1.4.0-foss-2019b-Python-3.7.4
 Bison/3.3.2-GCCcore-8.3.0						 bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0
 Bison/3.3.2				(D)					 cURL/7.66.0-GCCcore-8.3.0
 Boost/1.71.0-gompi-2019b						 dask/2.8.0-foss-2019b-Python-3.7.4
 CGAL/4.14.1-foss-2019b-Python-3.7.4			 double-conversion/3.1.4-GCCcore-8.3.0
 CMake/3.15.3-GCCcore-8.3.0						 expat/2.2.7-GCCcore-8.3.0
 DBus/1.13.12-GCCcore-8.3.0						 flatbuffers/1.12.0-GCCcore-8.3.0
 Doxygen/1.8.16-GCCcore-8.3.0					 flex/2.6.4-GCCcore-8.3.0
 EasyBuild/4.3.1								 flex/2.6.4					(D)
 EasyBuild/4.3.2		(L,D)					 fontconfig/2.13.1-GCCcore-8.3.0
 Eigen/3.3.7									 foss/2019b
 FFTW/3.3.8-gompi-2019b							  freetype/2.10.1-GCCcore-8.3.0
 FFmpeg/4.2.1-GCCcore-8.3.0						 gc/7.6.12-GCCcore-8.3.0
 FriBidi/1.0.5-GCCcore-8.3.0					gettext/0.19.8.1
 GCC/8.3.0										   gettext/0.20.1-GCCcore-8.3.0					(D)
 GCCcore/8.3.0									  git/2.23.0-GCCcore-8.3.0-nodocs
 GLib/2.62.0-GCCcore-8.3.0						 gmpy2/2.1.0b4-GCC-8.3.0
 GROMACS/2020-foss-2019b						   gperf/3.1-GCCcore-8.3.0
 GSL/2.6-GCC-8.3.0								h5py/2.10.0-foss-2019b-Python-3.7.4
 HDF5/1.10.5-gompi-2019b						 LAME/3.100-GCCcore-8.3.0
 LAMMPS/3Mar2020-foss-2019b-Python-3.7.4-kokkos		LLVM/9.0.0-GCCcore-8.3.0
 METIS/5.1.0-GCCcore-8.3.0							libevent/2.1.11-GCCcore-8.3.0
 ....................................

[user@node418 ~]$ module load foss/2019b
[user@node418 ~]$ module list
module list

Currently Loaded Modules:
  1) EasyBuild/4.3.2                7) XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0           13)	 gompi/2019b
  2) GCCcore/8.3.0                  8) libxml2/2.9.9-GCCcore-8.3.0      14)  FFTW/3.3.8-gompi-2019b
  3) zlib/1.2.11-GCCcore-8.3.0      9) libpciaccess/0.14-GCCcore-8.3.0  15) ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2019b
  4) binutils/2.32-GCCcore-8.3.0   10) hwloc/1.11.12-GCCcore-8.3.0      16) foss/2019b
  5) GCC/8.3.0                     11) OpenMPI/3.1.4-GCC-8.3.0
  6) numactl/2.0.12-GCCcore-8.3.0  12)OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases aind functions
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
export EASYBUILD_MODULES_TOOL=Lmod

# Definition du PATH des modules en fonction de l'OS et du materiel.
OS_NAME=$(lsb_release -i | awk '{print $3}')
OS_VERSION=$(lsb_release -r | awk '{print $2}')
OS_VERSION_MAJOR=$(echo ${OS_VERSION} | awk '{split($0, a, "."); print  a[1]}')
CPU_ARCH=$(gcc -march=native -Q --help=target | grep march | awk '{print $2}')
EASYBUILD_PREFIX="/softs_eb/${OS_NAME}/${OS_VERSION_MAJOR}/${CPU_ARCH}"
export EASYBUILD_PREFIX=${EASYBUILD_PREFIX}
module use ${EASYBUILD_PREFIX}/modules/all

[loginUser@p2chpd-login3 ~]$sbatch mon_script

#!/bin/sh
# script Bash pour l'execution d'une tach par slum.
## Nom de la tache soumise
#SBATCH -J TESTJOB
## nbre de coeur demandé sur le serveur
#SBATCH -n 1
## temps d'execution du job demandé
#SBATCH -t 30:00:00
# quantité de mémoire disponible à reserver sur le serveur
#SBATCH --mem=8G
# Nom du fichier de log stdout de la tache
#SBATCH -o %j.out
# Nom du fichier de log stderr de la tache
#SBATCH -e %j.err
# Envoie de mail pour notification de l'etat du job
#SBATCH --mail-type=ALL
# adresse mail du destinataire
#SBATCH --mail-user=<email:user@domain>

# quelques commandes bash pour tester l'envirronnement.
hostname
pwd
whoami
module show foss/2019a
cd $JOBDIR
export | grep SLURM

[user@p2chpd-login3 ~]sbatch script_batch_simplke.sh
Submitted batch job 806298
[user@p2chpd-login3 ~]$ squeue -u user
JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
806298 default_p  TESTJOB    cpera  R       0:05     1 node395
[user@p2chpd-login3 ~]$ sacct -j 806298
JobID        JobName    Partition   Account     AllocCPUS State      ExitCode
------------ ---------- ----------  ---------- ---------- ---------- --------
806298          TESTJOB default_p+  testing          1     COMPLETED      0:0
806298.batch      batch  testing					 1	   COMPLETED      0:0
[user@p2chpd-login3 ~]$ls -alrt
total 52
-rw------- 	1 	user	users 	711		8	mars	13:53	script_batch_simple.sh
drwxr-xr-x	116	user	users	8192	8	mars	13:53	..
drwx------	2	user	users	4096	8	mars	13:54	.
-rw-------	1	user	users	195		8	mars	13:54	806298.err
-rw-------	1	user	users	942		8	mars	13:54	806298.out
[user@p2chpd-login3	~]$ cat 806298.out
node395
/home_nfs/user/test_manuel_rhel6
user
export SLURMD_NODENAME="node395"
export SLURM_CHECKPOINT_IMAGE_DIR="/home_nfs/user/test_manuel_rhel6"
export SLURM_CPUS_ON_NODE="1"
export SLURM_GTIDS="0"
export SLURM_JOBID="806298"
export SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE="1"
export SLURM_JOB_ID="806298"
export SLURM_JOB_NAME="TESTJOB"
export SLURM_JOB_NODELIST="node395"
export SLURM_JOB_NUM_NODES="1"
export SLURM_LOCALID="0"
export SLURM_MEM_PER_NODE="8192"
export SLURM_NNODES="1"
export SLURM_NODEID="0"
export SLURM_NODELIST="node395"
export SLURM_NODE_ALIASES="(null)"
export SLURM_NPROCS="1"
export SLURM_NTASKS="1"
export SLURM_PRIO_PROCESS="0"
export SLURM_PROCID="0"
export SLURM_SUBMIT_DIR="/home_nfs/user/test_manuel_rhel6"
export SLURM_SUBMIT_HOST="p2chpd-login3"
export SLURM_TASKS_PER_NODE="1"
export SLURM_TASK_PID="61645"
export SLURM_TOPOLOGY_ADDR="swib[1-3].swib9.node395"
export SLURM_TOPOLOGY_ADDR_PATTERN="switch.switch.node"

[user@p2chpd-login3	~]$ cat 806298.err
[user@p2chpd-login3 ~]$

# Reservation et ouverture d'un shell interactif sur un noeud de la partition
# parallel
[user@p2chpd-login3 ~]$ srun -p parallel --pty /bin/bash
[user@node315 ~]$

# Reservation et ouverture d'un shell interactif pour un calcul parallel sur plusieurs noeuds de la partition
[user@p2chpd-login3 ~]$srun --partition=parallel --nodes=2 --ntasks-per-node=4 --cpus-per-task=1 --mem=8000 --time=0-01:00:00 --pty /bin/bash
[user@node315 ~]$

# Reservation s connexion sur le ou les noeuds reserver
# parallel
[user@p2chpd-login3 ~]$salloc -p parallel --nodes=2 --ntasks-per-node=4 --cpus-per-task=1 --mem=8000 --time=0-01:00:00
[user@p2chpd-login3 ~]$squeue -u user
            JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
			806325  parallel   salloc   user  R      00:01      2	node[315,316]
[user@p2chpd-login3 ~]$ssh node315
[user@node315 ~]$srun path/job_mpi

#! /bin/bash

#SBATCH -n 32					# 32 cœurs répartis en bloc sur le minimum de noeud
#SBATCH -p parallel				# Reservation sur la partition parallel, un cluster de noeud interconnecté par un réseau infiniband
#SBATCH -t 2:00:00				# Le job sera tué au bout de 2h
#SBATCH --mail-type=END			# Réception d'un mail à la fin du job
#SBATCH --mail-user=adresse_mail

module load openmpi
srun executable_mpi

#! /bin/bash

#SBATCH -N 1		# reservation d'un noeud
#SBATCH -p parallel # selection de la partition "parallel", nœuds bisocket 8 coeurs
#SBATCH -n 1		# 1 seul tâche
#SBATCH -c 16		# 16 cœurs pour ce job

./code_omp

#! /bin/bash

#SBATCH -N 2					# Réservation sur 2 nœuds
#SBATCH –tasks-per-node=2			# 2 processus MPI par nœud
#SBATCH -c 4					# 4 cœurs par tâche

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK # Nombre de thread OpenMP par noeud
srun ./code_openMP_MPI

#! /bin/bash

#SBATCH -p gpu-sp			# Partition gpu simple precision
#SBATCH -N 1				# 1 serveur
#SBATCH --exclusive			# Le nœud est dédié
#SBATCH -t 05:00:00			# Temps maximum du job 5h
#SBATCH --gres=gpu:2        # 2 GPU
#SBATCH --constraint=k20m	# GPU k20m simple précision
#SBATCH --mail-type=END
#SBATCH --mail-user=mon@adresse

module load CUDA
./appli_gpu_cuda